A partir de la llegada de las primeras noticias del descubrimiento de lo que sería dado en llamar Nuevo Mundo a cargo de Cristóbal Colón, los Reyes Católicos y sus sucesores comenzaron a recibir numerosas concesiones, relacionadas con el derecho de ocupación de las nuevas tierras y el dominio sobre sus habitantes, como una donación papal. El Papa, que tenía la potestad de entregar los territorios recién descubiertos a los príncipes cristianos, en función de este principio repartió el continente americano entre España y Portugal.
En este siglo había en Chile 5 órdenes: Dominicos, Franciscanos, Agustinos, Mercedarios y Jesuitas con 191 religiosos.
Los franciscanos y los dominicos comenzaron una labor misionera cerca de los pueblos indígenas utilizando la persuasión para convencerlos, aunque también existían algunos evangelizadores que solo vinieron a hacer fortuna a América.
Los franciscanos fueron los primeros en llegar a Chile, pero además de estas órdenes aquí se encontraban los mercedarios, los agustinos y los jesuitas. Estos últimos, gracias a la influencia del padre Luís de Valdivia y de la guerra defensiva, consiguieron extenderse en la región araucana. Sacerdotes como Bartolomé de las casas lucharon denodadamente por la defensa de los nativos abogando por sus derechos, dejando en claro los abusos que los españoles muchas veces cometían con ellos. La corona se preocupó, gracias a esto, de dictar normas y leyes para proteger a los indígenas. Estas leyes determinaban con toda claridad que se les debía respeto ya que eran considerados "hermanos menores" de los españoles. Se prohibió también la esclavización del indígena, exceptuando aquellos casos en que fueran rebeldes al dominio hispano y no quisieran convertirse en súbditos de la monarquía o someterse a la religión católica. La iglesia católica fue una institución de gran autoridad tanto en España como en América, y está ligada directamente al poder político, a través del patronato real.
Los reyes hispanos se preocuparon de enviar sacerdotes para cumplir con la misión de evangelizar.
También les enseñaron a leer y a escribir, creando escuelas para indígenas, enseñándoles los rudimentos de la fe y divulgando la cultura europea por toda América.
Sacerdotes como Bartolomé de las casas lucharon por la defensa de los nativos defendiendo sus derechos, dejando en claro los abusos que los españoles muchas veces cometían con ellos, las corona se preocupó, gracias a ello, dictaron normas para proteger a los indígenas. Estas leyes determinaban con toda claridad que se les debía respeto, ya que eran considerados hijos o criaturas de dios, se prohibió la esclavización exceptuando aquellos casos en que fueran rebeldes del dominio hispano y no quisieran convertirse o someterse a la religión católica.
Una forma de evangelización que adopto chile fue el Bautismo Masivo, donde niños y adultos eran bautizados a cambio de regalos de ovejas y cabras. También obligaron a casarse a los aborígenes para erradicarlas practicas poligamias.
Además en Santiago se formaron las cofradías, que eran asociaciones de creyentes que veneraban a un santo patrono, formada por indígenas bautizados y otros grupos.
La intención del evangelismo es dar a conocer la salvación por medio del sacrificio de Jesús para todas las personas; otros creen que es informar acerca de la pronta venida del Reino de Dios. El evangelismo es llevado a cabo por la obediencia de la Gran Comisión, un mandato de Jesús a sus discípulos a "ir y hacer discípulos a todas las naciones" como aparece en el Nuevo Testamento:
La intención del evangelismo es dar a conocer la salvación por medio del sacrificio de Jesús para todas las personas; otros creen que es informar acerca de la pronta venida del Reino de Dios. El evangelismo es llevado a cabo por la obediencia de la Gran Comisión, un mandato de Jesús a sus discípulos a "ir y hacer discípulos a todas las naciones" como aparece en el Nuevo Testamento:
En 1495 los reyes Católicos ordenaron que pasasen misioneros a las tierras descubiertas. La isla Española fue el sitio donde franciscanos, dominicos y mercedarios, ensayaron el modo más apropiado para desempeñar debidamente su misión. Comenzaron por catequizar a los niños, siguieron con los adultos. Comenzaron a edificar iglesias en Santo Domingo, dando alas a su celo apostólico y, acompañados de algunos sacerdotes del clero secular, pasaron a las demás islas, y así se civilizó a los moradores de las Antillas.
Desde ese momento se convierte esa región algo así como en un centro de operaciones. De Castilla de Oro salen expediciones civilizadoras hacia la América Central y por el istmo de Panamá pasa la corriente cristiana hacia la América del Sur. Los mercedarios fueron los capellanes de muchas de estas arriesgadas expediciones y los primeros en construir conventos en Guatemala y otros puntos de América Central. En aquellos lugares donde, por lo malsano del clima, por la aspereza del terreno, por estar lejos del poblado o por otra razón cualquiera, no se repartían encomiendas, y esto ocurría en la mayor parte del continente, fueron los heroicos misioneros de las Órdenes religiosas los protagonistas de la evangelización.
Aquellos primeros misioneros se internaban en los bosques o en los desiertos y serranías donde los indios vivían dispersos y, exponiendo su vida, los reunían en un sitio determinado. Ayudados por ellos, construían un rancho-capilla donde enseñaban la doctrina y decían misa.
En su contorno levantaban los indios sus viviendas y a eso se llamaba las doctrinas, que fueron el origen de muchas parroquias, obispados, pueblos y ciudades de América años y años pasaba ahí un religioso hasta que, crecida la doctrina y ya con el nombre de parroquia formada, pasaban a otras manos y los misioneros, dando un último adiós a sus fieles convertidos, pasaban a otra región en busca de lugares desconocidos a aprender otras lenguas, entenderse con otros indios y formar nuevas doctrinas para repetir la historia. Así, en el siglo XVI, los misioneros de las Órdenes de San Francisco, Santo Domingo y la Merced, evangelizaron los territorios de las actuales Guatemala, Nicaragua, Honduras y el Salvador. Mención especial merece la evangelización de México. Otro método que emplearon principalmente los jesuitas en la evangelización fueron las llamadas Reducciones. Eran poblados en los que se congregaban a los indios nómadas y, bajo la dirección de los misioneros, con rigurosa exclusión de cualquier otro europeo, se intentaba educarlos en una vida cristiana y civilizada. En la reducción había buena organización religiosa, social y política. Había catequesis obligatoria para niños y adultos. Bajo el aspecto político, la reducción gozaba de autonomía absoluta: allí mismo se tenía el comercio y se pagaba el tributo civil. Era como un estado dentro del estado. La suprema autoridad en la reducción, tanta en el aspecto espiritual como en el temporal y judicial, era el misionero. Una finalidad directa de las reducciones era proteger a los indígenas de los abusos de los encomenderos.
Dando conclusión a este tema se puede decir que la evangelización en un lado fue positiva por buscar nuevos miembros para Jesucristo e incorpóralos a la civilización pero por otro lado fue negativo al matar a los que se opusieron a la civilización y ser evangelizados.
